возможно ли заставить работать уже существующую wi-fi аппаратуру на других частотах
Да, но это сложно и незаконно.
обезопасив свои устройства от взлома
Бесполезно. Лучше написать свой протокол. Но это дело опять же ломается достаточно просто.
возможно ли заставить работать принимающие устройства на других частотах
Любой передатчик можно инвертировать в приёмник и наоборот.
ниже для большей дальности
С таким же успехом можно поставить 50 дюймовые колеса на машину, чтобы ехать быстрее.
И существуют ли альтернативы GPS\GLONASS для самостоятельного развертывания в масштабах нескольких километров(надеюсь звучит не слишком глупо)?
Существуют. Это называется геолокация. Обычно используется метод триангуляции. Обычно работает на основе радиовышек мобильных операторов. Однако, вам стоит вспомнить, что GPS\GLONASS абсолютно бесплатны и работают по всему миру, кроме полюсов и пещер.
P. S.
Некоторые люди много десятков лет разрабатывают радио, а вы решили взять и сделать все по-своему. Вы молодец, я тоже так люблю. Но радио - это общий ограниченный ресурс. А вы хотите припарковаться посреди автострады.