возможно ли заставить работать уже существующую wi-fi аппаратуру на других частотах
Большую часть - нет. Сейчас их так компактно делают, что вся логика, что раньше делалась на LC-цепях - теперь шьется внутрь чипа, где есть и L, и C столько, сколько надо. Берете Вы USB wifi-антенну например для DVB-T2 приемника - она размером чуть больше USB-разьема - что Вы там будете переделывать?
Дешевизна - это массовость. Массовость - это отлаженный техпроцесс. Даже имея на руках полную принципиальную схему (которую еще найти надо, а это непросто) - Вам ничего не сделать, потому что оно все внутри чипа :)
используя существующие протоколы связи или же создать самостоятельно что-то подобное, тем самым обезопасив свои устройства от взлома, перехвата управления и других неприятных вещей?
Вы настолько хороши в разработке протоколов связи и защиты информации, что не сомневаетесь, что сделаете лучше чем существующие?
возможно ли заставить работать принимающие устройства на других частотах, к примеру, управление дроном, опять же для защиты, желательно на частотах по ниже для большей дальности.
Между частотой и дальностью нет корреляции от слова совсем. Заставить можно - переделав радиомодуль. Вопрос в том - кто Вам разрешит эти частоты использовать? Это сто лет назад кто первый встал - того и тапки, сейчас частотные полосы, которые суть общий и неделимый ресурс давно уже распределены. Хотите попасть на частоту ментов? Или на армейскую частоту?