Очевидно же, что там загрузчик.
По умолчанию загрузчик ставится на тот диск, где он уже есть. Хоть 10 Windows установи на разные диски, а загрузчик будет там, где он был установлен первым.
Ставить две ОС на один комп плохая затея.
Из-за особенностей работы с дисками современных ОС так часто и бывает.
Возможно поможет отключение быстрой загрузки в обоих ОС и гибернации.
Не знаю как штатными средствами восстановить загрузчик, но достаточно на этот fat32 раздел скопировать содержимое с любой рабочей системы и поправить файл BCD программой bootice (ну или любой другой аналогичной программой), что бы загрузчик нашел ваш раздел с Windows.
