Adamos

Вам бы лучше сформулировать, чего вы хотите от этого сохранения. Потому что вопрос сильно многогранный, и PDF-файл от Иллюстратора с "вариантами сохранения в PDF из интернета" может вообще очень слабо пересекаться.
Подробный разбор формата PostScript, на котором основан формат PDF - общедоступен, если вы готовы читать толстое руководство на английском... но вряд ли это так.
А если вас волнуют цветовые профили - так это лучше и обсуждать с полиграфистами на RuDTP, например. Здесь не тот контингент.

Во-первых, нет смысла упираться в Edge, который все равно - перекрашенный Chrome, и исследовать вопрос имеет смысл по нему - элементарно больше ответов найдется.
Во-вторых, продвинутой работы с принтером из браузера нет и быть не может - он из соображений безопасности сильно ограничен даже в информации о принтерах, не то что в настройках. Шаг влево, шаг вправо - сразу надо переключаться в "печатать, используя системный диалог", и смотреть уже там. А вот то, что там, зависит в первую очередь от драйвера принтера.

Эти библиотеки перегоняют документ через HTML. Можно присовокупить стиль с нулевым отступом абзаца.
Или выгнать тот промежуточный HTML и посмотреть, что в нем, собственно, не так.

Это не "иероглифы", это тот самый текст, только в ужатой кодировке - символы идут под другими номерами.
При большом желании можно попробовать подобрать соответствие каждой букве и "расшифровать" текст.
Но не исключено, что на другой аналогичной PDF номера символов будут иными.
Так что чисто графическое распознавание и проще, и надежнее.

Проблемы, скорее всего, не в файлах, а в той информации, которую вы опустили в вопросе.
Впрочем, есть возможность проверить PDF-файлы на возможные проблемы формата.
Например, бесплатный VeraPdf - очень качественный инструмент.
Правда, он требует довольно качественного оператора - сообщения о проблемах еще нужно прочитать и понять...

mPDF позволяет положить исходный PDF фоном и сверху (по координатам) налепить добавки.
Но для произвольного PDF вы просто не будете знать, что куда положить.

Стоит вернуться к задаче и пересмотреть ее. Откуда берется PDF у пользователя? Если это бланк, который он каким-то образом заполняет, а вы добавляете свою информацию - нужно просто дать ему форму на сайте, собрать его данные, добавить ваши и генерировать из них окончательный PDF.

Headless LibreOffice, совершенно обычное решение.

Фокус в том, что в PDF никакой таблицы нет.
Там тупо строчки по координатам, причем по координатам не центра ячейки, а начала строчки.
И любой перенос, а также смена шрифта (выделение полужирным, например) делит текст на несколько строчек.
Поэтому просто парсить текст не прокатит - несколько строчек развалятся, а пустые ячейки не определятся вовсе, и куда относится следующий после них текст - определить не получится.
На коленке можно попытаться сконвертировать PDF в более текстовый формат - EPS или SVG - и пытаться разобрать его, но это будет хоть и решаемой, но весьма трудоемкой задачей.
Предложенная выше библиотека, видимо, разбирает сам формат и пытается угадать по расположению строчек, как их собрать обратно в таблицу.
Других возможностей и каких-то простых решений можно не искать.

Кроме, разве что, возможности договориться получать там, где это расписание делается, не PDF, а DOCX/ODT, из которого его выгоняют ;)

Боги! Какое вообще отношение Ёксель может иметь к

способ перевода любых ПДФ в качественные изображения

PDF - это и есть изображение того идеального качества, которое имеется у вас в наличии.
Улучшать в нем просто нечего - если картинка в PDF жестко пожата JPEG-ом и ее разрешение уменьшено до экранного качества - все, ничего другого вы из нее уже ничем не вытянете.
А уж игрищами с офисным пакетом любую информацию можно только испортить.

https://habr.com/ru/articles/459112/

/usr/bin/pdfjam \
1/001.pdf '-' \
1/002.pdf '-' \
...
3/020.pdf '-' \
--outfile result.pdf

Можно просто превратить линии в фигуры, с их масштабированием проблем быть не должно.

Правой кнопкой по карте - открыть только этот фрейм.
Зум до комфортного для просмотра масштаба.
Правой кнопкой по карте - открыть картинку в новом окне. И соседнюю. И другую. И подумать над их урлами.

Хотя, по моему многократному опыту поездок в Питер, достаточно просто запомнить (распечатать) те пять-шесть маршрутов, которые тебе реально могут понадобиться за время поездки. А если есть мобильный интернет - то просто поставить Яндекс.Карты на сотовый, и вообще ничего можно не запоминать.

Есть перпендикулярный вариант IDML, если типография им не погнушается.
Весь макет в XML-формате, а клиенту можно соорудить веб-сервис, чтобы он подбрасывал в него картинки.

Правда, мысль о том, как клиентские фоточки в RGB будут отпечатаны в типографии без нормальной обработки, делает мне больно ;)

Если пиксель-в-пиксель, то можно написать шаблон на языке Postscript, заменить в нем нужные поля и конвертировать в PDF. Поскольку PDF - это и есть сжатый Postscript, точность обеспечена.
Уж не знаю, какие библиотеки есть для дистилляции в Джаве, но есть открытый Ghostscript на С++.

Идея такая: проследить, откуда берутся эти PDF, и получить там более вменяемый исходник. Это перспективно, в отличие от любых костылей, которые вам удастся нагородить для решения задачи в том виде, как она поставлена сейчас.

Видимое - редактором. Inkscape, например.
Невидимое, если оно не-графическое, теоретически должен отсеять виртуальный принтер в PDF.
Если, конечно, он не поленится и не отправит на печать исходник, не жуя.
Но вообще-то в PDF могут быть зашиты не только личные данные, но и скрипты, например. Да и некоторые механизмы защиты там вроде бы предусмотрены... признаться, копаться нужды не было, точнее сказать не могу.

Есть ощущение, что галочки и точечки - это просто символы соответствующего шрифта, а не графика.
Так что даже простой pdftotext может дать материал, пригодный для обработки.
А то и - страшно сказать - тупое копирование всего текста из программы, в которой вы просматриваете эту PDF.

P.S. Дебильность теста доставляет, конечно... "На какой ноге болел палец у Добчинского", классика.

Под Linux есть специализированная утилита pdfimages в пакете xpdf. Открытая, бесплатная и надежная.
Под окошками - какие-то платные комбайны и, конечно, Акробат Про.