Проблемы, скорее всего, не в файлах, а в той информации, которую вы опустили в вопросе.
Впрочем, есть возможность проверить PDF-файлы на возможные проблемы формата.
Например, бесплатный
VeraPdf - очень качественный инструмент.
Правда, он требует довольно качественного оператора - сообщения о проблемах еще нужно прочитать и понять...