Adamos

PDF - это сжатый PostScript. В PostScript нет кодировок в принципе, только привязка к глифам шрифта. Поэтому если шрифт кривой - глифы названы по европейским символам, например, а нарисована в них кириллица - получаем кракозябры в любых программах, которые попытаются вытянуть этот текст. При желании можно перемешать весь шрифт и переставить глифы произвольным образом, искалечив так же и текст.

Но что-то защищать такими методами - имхо, дурь.

Ну, едрена, нельзя же быть настолько беспомощной с лапками.
Всего-то выкинуть из ссылки посредника и качай-не хочу.

Я бы сделал это одним скриптом с pdfjam, но вам же под окошки...
Посмотрите на это:
https://www.pdflabs.com/tools/pdftk-the-pdf-toolkit/
В частности, их PDFtk Server вроде как позволяет выполнить команду

pdftk A=doc1.pdf B=doc2.pdf shuffle A B output complete.pdf

и получить как раз то, что вам нужно.