Adamos

Предлагаю положить в папку inc файл .htaccess с текстом
Deny from All
Думаю, это будет хорошим стартом для решения ваших проблем.

Если у вас взломают внешний сервер, вряд ли что-то помешает взломщику выйти с него в локалку.
Как бы не оказалось, что, городя нестандартные решения, вы на самом деле ничего, кроме головной боли, от них не выигрываете.

Как это верно - хранить подобный код в файлах с названием fail!
Простое правило: если код исполняется несколько раз из разных мест, поместите его в функцию и вызывайте ее, когда надо и как надо. Если функций несколько и они работают с некоей общей логикой - соберите их в класс.
Код, собранный в функции и классы, выньте из тех скриптов, к которым непосредственно обращается пользователь, и вынесите в отдельные папки, закрыв к ним доступ извне - просто за ненадобностью.
Это просто, правда.
Зато при подключении файлов подобных вопросов просто никогда не будет возникать.

Как страшно мучаются люди под виндами! И главное - зачем?!
Linux + PhpStorm + git, который в тот Шторм, собственно, встроен по умолчанию.

В предыдущем вопросе была строчка "Обновил в денвере php до 5.4".
Проще сразу решить эту проблему, глядишь, и другие исчезнут сами собой.

на сервер приходит строка как если открыть в hex редакторе и посмотреть на dump

Вот ее-то вы и записываете. Параметр b, естественно, работает, но никто не будет за вас превращать hex-представление обратно в байты.
Читайте свою строку по два символа, превращайте их в байт, его и записывайте в файл.