SOTVM, но настройки-то она читает из /etc, так что, будучи запущенной из-под клиента, не может их переписать. Вряд ли ТС - первый, кто столкнулся с этой дилеммой.
Eugene Z, либо потому, что это недоработка, либо потому, что она в принципе меняет только пользовательский профиль. Запуск под рутом поможет это выяснить.
Eugene Z, так понятнее, но наводит на мысль, что "GUI-шной тулзе" просто не хватает прав, чтобы внести настройки, куда надо. Не пробовали запускать ее с sudo?
Правильно - дать сколько-нибудь полную информацию, а не вопрос, понятный только автору.
Что у вас в переменных, например. Что вы получаете по результатам запроса. Что именно ожидаете получить.