Adamos

1. Шаблон с инпутом и его обвязкой (если у вас анимированная мультизагрузка - соответственно, блок, в котором будет отображаться прогресс и подключение скрипта, который все это делает).
2. Класс, который разбирает $_FILES с определенным именем и возвращает его данные в виде массива. С опциональной проверкой опасного содержимого.

В общем, посмотреть, какой код повторяется каждый раз, и собрать его в отдельный класс. Обычный рефакторинг, фреймворк тут - дело десятое.

select * from `product_options`
inner join `product_option_values` on `product_options`.`id` = `product_option_values`.`option_id` AND `product_option_values`.`product_id` in (1,2,3)
group by `product_option_values`.`value`

Видимо, таким образом, медленно и печально, идет процесс нормализации базы - превращения этого чудища со столбцом на 30-40 элементов в отдельную таблицу фраз и таблицу связей между 1otsev и фразами.
Но вы маетесь ерундой, дергая таблицы по одной и делая запросы в цикле.

1. Добавьте UNIQUE индекс на `frase`, и используйте INSERT IGNORE, после этого база сама не даст вставить дубль.

, как совершенно справедливо посоветовал Rsa97.
2. Прочитайте ВСЮ таблицу 1otsev и составьте массив фраз, которые должны быть в таблице key, в самом скрипте - не мучайте зря базу, уникальные значения и РНР отличать умеет.
3. А уже потом этот массив ОДНИМ запросом запихните в таблицу key.
4. Ну, и после этого можно будет прочесть таблицу key, спокойно пройтись еще раз по 1otsev, для каждой строчки составить данные для таблицы соответствий и опять-таки ОДНИМ запросом записать их. И еще одним - удалить этот дурацкий столбец с перечислением.
Вряд ли это займет больше часа...