Про rsync читал, но если правильно понимаю, он не совсем подходит, тк копирует все данные сразу.
Та же ситуация с многими другими пакетами, по умолчанию Ubuntu LTS ставит не самые свежие версии и в результате часть пакетов просто не работает поскольку расчитаны на более новые библиотеки.
Во первых Linux должен хорошо лечить Windows вирусы.
А во вторых иногда свои личные вирусы.