Некоторые замечания общего характера.
В преамбуле у вас франкенштейн. Либо делаете преамбулу под компиляцию pdfLaTeX, либо XeLaTeX/LuaLaTeX. Но не всё вместе. Пакет fontspec нужен для XeLaTeX/LuaLaTeX при использовании системных шрифтов.
Я кое-что поправил в вашем документе, и с картинками сейчас нормально. Лишнее убрал: то, что не использовано. Опция showframe в пакете geometry - это для наглядности. Для чистового документа она, разумеется, не нужна.
\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{fontspec}
\usepackage[english,russian]{babel}
\usepackage[
top=2cm,
bottom=2cm,
left=2.5cm,
right=1cm,
showframe
]{geometry}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{graphicx}
% \graphicspath{{./Заготовки для инстркуции/Скриншоты}}
\usepackage[section,above,below]{placeins}
\usepackage{hyperref}
\setmainfont{Times New Roman}
\author{Иванов~И.~И.}
\date{\today}
\title{\textbf{Manual}}
\begin{document}
\maketitle
\tableofcontents
\clearpage
\section{Test}
\begin{figure}[h!]
\centering
\includegraphics[scale=0.6]{image (0)}
\end{figure}
В открывшемся окне выбрать необходимую ЭЦП и нажать “ОК”
\begin{figure}[h!]
\centering
\includegraphics[scale=0.6]{image (0_1)}
\end{figure}
Убедиться, что отображаются данные по актуальной ЭЦП
\begin{figure}[h!]
\centering
\includegraphics[scale=0.7]{image (0_2)}
\end{figure}
\section{Test 2}
После запуска ярлыка КриптоАРМ ГОСТ появляется основное окно для работы:
\begin{figure}[h!]
\centering
\includegraphics[scale=0.6]{image (1)}
\end{figure}
Далее необходимо выбрать раздел \textbf{Сертификаты} подраздел \textbf{Личные}
\begin{figure}[h!]
\centering
\includegraphics[scale=0.6]{image (1_1)}
\end{figure}
\end{document}