А, мда, вполне возможно имеется ввиду есь backup-файл, а не отдельный файл из самого backup-а. Тогда действительно, проще восстановить, под другим номером, или на отдельном proxmox сервере (что бы не останавливать работающую виртуалку).
Вообще-то, если быть честными, вы здесь для определения, какая именно произошла проблема. Путём долгих команд выяснили, что в PHP-скрипте, в работе с TCP/IP-коннектом. Исходников глюкнувшего фрагмента нет, не гадать же на кофейной гуще...
Короче, у работающего скрипта повисло/разорвалось соединение, которым он продолжает пользоваться. Убивайте висящий скрипт, и ищите причину/решение этой проблемы...
Хотя можно и вообще без неё обойтись.