CSV - это текстовый формат для обмена между различными программами и он отлично сжимается. Этот формат не имеет прямого отношения к Excel, а просто ассоциирован с ним в Windows и при его открытии происходит операция импорта.
ZIP - это контейнер, в который можно сжимать файлы с различными алгоритмами сжатия. Если используется WinZIP из последних версий, то в нем есть поддержка сильных
алгоритмов сжатия, таких как BZIP2, LZMA.
Имеет смысл импортировать CSV в какую-либо нормальную БД, ну хоть в Access.