Знаю, что в теории можно удалить диски, отформатировать, что бы избавиться от ошибок, а потом попытаться восстановить данные, но не уверен, что это сработает с APFS диском, рисковать не хочется.
Очень хорошо, что вы написали сюда перед тем, как прислушаться к этому "доброму совету".
Ни в коем случае так не делайте!
Любые операции записи (а форматирование их подразумевает) уничтожают данные (как минимум, частично) и либо снижают шансы на восстановление в целом, либо ухудшают возможный результат.
С учётом того, что файлы вы формально не удаляли, т.е. есть шанс того, что ФС цела, вы можете, воспользоваться Р.сэйвером, он бесплатный и умеет читать данные с APFS. Но для этого диск потребуется вынуть и подключить к машине с Виндоус:
https://rlab.ru/tools/rsaver.html
Однако, судя по описанным вами симптомам, я бы очень крепко задумался о том, стоит ли это делать. Я бы предположил, что диск начинает выходить из строя и любые попытки работы с ним любыми программами могут ухудшить ситуацию.
Оптимальным советом было бы перестать пользоваться диском, извлечь его и обратиться в компанию, профессионально занимающуюся
только восстановлением данных. В нормальных фирмах диагностика бесплатна и ни к чему не обязывает.
Предварительно оценить компанию можно с помощью вот этой статьи:
восстановление-данных.рф
Если несмотря на это, вы хотите рискнуть, вы можете самостоятельно провести его диагностику с помощью R.tester'а, но для этого тоже потребуется Windows:
https://rlab.ru/tools/rtester.html
P.S.
Вы не упомянули какой именно Мак вы используете, так что на всякий случай убедитесь, что у вас не используется
Fusion drive. При неграмотном его разделении последствия обычно печальные, мы регулярно с ними сталкиваемся:
https://habr.com/ru/post/374509/
