Georgy Goshin, если необходимо, чтобы админка управляла контентом, то такие движки не подходят. Подойдут только если нет никакой связи с админкой. Насколько мне известно.
Можно много выдавать много теорий что является причиной, но без кода помочь нечем. Если есть минимальный код, воспроизводящий проблему - выкладывай ссылку на репозиторий/архив и тебе смогут помочь.
Ну UPDATE'ы я готовлю пачками по 3-20к и потом за раз отправляю, т.е. так (там один запрос вида WHERE id IN(...)
Монстр-запрос надо еще разобрать перед выполнением. Вообще, на такие запросы сразу внимание обращать надо.
И обновлять пачками по 1 K не пробовал, если на то пошло?
Есть ли мониторинг Эластика? Может, отваливается из-за нагрузки?
А коннекшен для очереди точно подключен? Сделай простую проверку типа список узлов или другое. Если упадет с ошибкой, то дело коннекшене?