Семён Семёнов, это спорные рассуждения.
1. Википедия, к примеру, хранит в СУБД именно разметку всей страницы, которая сключает в себя и таблицы и формулы и перекрестные ссылки. При этом предосталяет возможно править страницу на языке разметки.
2. Сервер может хранить некое представление формул в СУБД, а клиентская часть может это отображать и позволять производить вычисления.
Семён Семёнов, хранить верстку html - возможно. Но я предлагаю хранить разметку наподобие Markdown.
В ней можно придумать тег для отображения формулы. Скажем, math.
В том теге будут также указаны какие входные параметры.
Семён Семёнов, если похоже на вики, то нужно тогда использовать какой-то язык разметки (markup language) наподобие Markdown. Каждую страницу хранить в своей записи в БД.
Иван Шумов, со сжатием это обычное дело. В заголовке LH конкретного файла указан способ сжатия (обычно Deflate).
Насчёт пароля нужно шерстить спеки zip. Я это не разбирал еще. Но там вроде при версии pkzip 2.0 ничего страшного для извлечения.
Да и, вообще, пожалуй, даже если и зашифровано при помощи AES. Главное, что с S3 можно ходить по файлу в любую сторону, прямо как на локальной ФС. А этого должно быть достаточно.