0. При работе по FTP файлы придётся скачивать локально ;-)
1. Неясно, с какими файлами Вы собираетесь работать.
2. OwnCloud -- тормозит и полон уязвимостей. Лучше использовать Seafile. В коммерческой версии, насколько я помню, есть даже редакторы офисных форматов.
как настроить доступ с персонального ПК
Копать в сторону организации VPN для сотрудников.