1) 10 студентов в саппорте, вместо сообщества по всему миру например...
2) Зачастую, качество кода (Bitrix, Netcat смотрел сам, это жесть)
3) Скорость и частота обновления
4) Отсутствие специфики в настройке сервера
5) Количество готовых решений опять же

И чтобы сразу немного приглушить звон сторонников платных... Был у меня один случай с одной желтой двухсимвольной CSM, российского производства, которая себя еще и фреймворком именует, название не буду называть. Так вот там был модуль интернет-магазина, который накручивался на базовый движок по очень ржавой резьбе. И вот захотелось title на главной сделать независимым от title всего магазина... У меня не вышло, у саппорта тоже, у саппорта саппорта как-то тоже не сложилось. Через год, когда проблема снова актуализировалась - со стороны платного движка проблема так и не решалась. Вписал костыль в логику и только так смогли победить проблему в продукте стоимостью несколько сот килорублей.