AJ

Дополнительно перейдите на PDO, используйте PREPARED_STATEMENTS, отключите буферизацию и эмуляцию подготовленных запросов в PDO. PHP очень сильно выжирает ресурсы по эмуляции. А с подготовленными запросами MySQL не будет каждый раз парсить сам запрос. Достаточно биндить значения и отправлять.

Папки организовать от id пользователя. Складывая по 1000 в каждую дочернюю. Т.е. принцип следующий:

/ceil($userId / 1000)/$userId/{files}

На выходе
/0/59/{files}
/1/1088/{files}

Этой организации хватит под ваш проект. Ни одна из директорий не превысит 1000 по содержимому и быстродействие сохраниться при вполне логичной структуре.

Неа, пусто, сейчас попробую

А какая цель? Убить свободное время и деньги?

Помогать то, конечно, можно. Но только если понимаешь ради чего ты этим занимаешься. Разные бывают ситуации.
Поэтому тут 2 ответа:
1) «Готовы ли вы участвовать в проектах бесплатно» — вообще бесплатно нет. За плюшки в перспективе — да.
2) «Тратить свое свободное время на решение интересной задачи» — да. Жизнь разработчика на 30% состоит из таких решений. Это саморазвитие, без которого в этой сфере делать нечего.

Для таких задач нормальным решением всегда оказывается собственноручное написание. Объем работы не большой. Двумерный массив с соответствием тегов rtf и html + string replace функция. Работы максимум на 4 часа. Зачем усложнять?