Насчет плагинов было сказано, но тут хотелось бы, чтобы плаигны были основаны на событийной модели и не враждовали между собой, при этом были достаточно гибкими, чтобы менять всё в системе. Также, чтобы с минимальным ядром можно было построить полностью сайт, просто отметив галочкой нужные плагины и скачав их прямо с админки. Ну и использовать некоторый универсальный механизм изоляции данных для плагинов, чтобы они не создавали десятки таблиц, не меняли базовые, не лезли в чужие таблицы и прочее.
Не хватает мультиязычности, среди бесплатных CMS пока ничего лучше Джумлы-Друпала нет :(
Ну и хотелось бы бесплатности. Платить хочется только за тот код, который потом можно будет самостоятельно поддерживать, если он не основан на бесплатном хорошо документированом фреймворке, то проще или избрать бесплатную CMS типа Друпала, или нарастить чужую с фреймворка типа diem.