1. ставь linux mint самый простой вариант для изучения.
2. оставляй ее как основную ос удали другие ( только так можно сделать полный переход)
3. phpsotrm есть для линукс.
4. линукс большой это то-же самое что " я хочу выучить программирование", собственно для программиста линукс должен быть примитивно легок. Так что тут немного конкретики не помешает.
главное понять его философию.
Какой именно дистрибутив без разницы поскольку выучив один ты сможешь с легкостью работать в любом другом.
НО лучше всего брать обкатаные дистрибутивы не дичь ну и с адекватными обновлениями минт для этого подойдет.
Если прям хочешь красношляпу то федору.
Что по обучению
1. в линуксе нет GUI все это баловство, весь нормальный софт консольный. Пока ты работаеш в гуи ты не учиш линукс.
Вплоть до радио и плеера, уходи полностью в консоль. ( разработку всеже в шторме, но если прям по харду то vim)
Выучи
stdin stdout stderr
как передавать потоки туда сюда, коды возврата.
из консольных утилит нужно хорошо уметь раобтать с
dir ls find sed awk grep xargs - чем лучше их знаешь и зная как работать с потоками этого для старта более чем достаточно остальное по манам в ходе работы.
упрощеные условия типа |, || , && полезны в работе.
а остальное это конструктор и "правильно собраного линукса не бывает это как правильный код, он только у одного человека в мире, это разраба, у всех остальных свое мнение по этому поводу и как правильно работать с линуксом нет общего понятия.
Ну и теорию подучить нужно однозначно, тут никуда.
Насколко я понимаю тебе нужно это для работы с веб серверами
то тут идиально подойдет ispconfig3 ставь его, по дороге разберешся че куда идет.
Далее патчь его до nginx+apache и ты считай уже в теме.
Далее разбираешся с представлениями пхп
Ну и версионностями последних.
;)