Все, на этом поиск проблемы закончился? Тогда подскажу, посмотри что в глобальном фильтре сразу после компонента фильтра, если там все верно, то попробуй сам сделать запрос по такому же фильтру, и посмотреть результат будет таким же или нет
Ex1st, в том месте что фильтр работает правильно, видимо ты никогда не лазил внутрь фильтра, ну да ладно, идем дальше.
Что там выводит элементы, catalog.section? логику же понимаешь, компонент фильтра сформировал массив для фильтрации, внутри catalog.section используется точно такой же getlist, в который передается вот этот самый $GLOBALS[$arParams['FILTER_NAME']] и формируется свой фильтр в зависимости от настроек модуля, компонента и еще каких-то факторов, каких именно и надо выяснить. Потом эти 2 фильтра мерджатся и получается общий фильтр для getlist-а, который уже естественно с нужным тебе не совпадает.
Т.о. открываешь class.php компонента catalog.section и... забегая вперед находишь initElementList(), внутри смотришь что в