Видимо вы никогда не работали с гитом, советую почитать
документацию.
Что касается ваших файлов
То вам нужно подключить удаленный репозиторий
git remote add origin url-to-repository
После внесения каких-либо изменений необходимо добавить их в индекс
git commit path/to/file
# или git commit -A если хотите добавить все
После необходимо изменения закомитить
git commit -m 'my cool message about changes'
И только после этого отправить в репозиторий
git push origin my-cool-branch # или как там называется ваша ветка
