Раньше можно было спокойно заюзать GKSU или KDESUDO для запуска файлового менеджера из по рута, только в последние годы все эти возможности перекрыли, мол не безопасно. Только кому не безопасно? Разрабы охерели вообще)
sudo chown -R $USER:$USER /home/alexey/projects/<путь до проекта допишите>
При чём это, как и от Денис Юрьев т.к. одно и тоже по факту, срабатывает и для приложений установленных в системных каталогах...
Например из бинарника ставится приложение в /opt, всё гут, работает, но, когда прилетают обновы и появляется уведомление, попытка применить их натыкается на: недостаточно прав...