Игнорируется то, что указано в .gitignore (он может быть локальным для проекта и глобальным для пользователя). То, что не указано, не игнорируется.
Готовый проект может содержаться в любых директориях, корректная настройка репозитория - обязанность разработчика, Гитхаб волшебства не делает.
Если же вы спрашиваете нужно ли их хранить в репозитории, то это дело ваше. Если не будете - репа будет занимать чуть меньше места, в коммитах будут чуть проще ориентироваться, не будет возможности забыть обновить скомпилированные ассеты. Но и Github Pages при этом у вас не заработает и при деплое нужно будет собирать проект. Сами решайте, что для вас важно, а что нет.
