Непонятно как WP должен иметь какое то SEO. Как и в обычном html шаблоне, так и в WP или любой другой CMS нужно просто писать чистый семантически правильный и структурированный HTML, прописать адекватные meta теги, микроразметку, всякие sitemap, robots и т.д.
WP может помочь упростить данные манипуляции, через создание кастомных полей для записей (для записи meta тегов например). Или использовать для помощи спец. плагины, наподобие Sitemap Google, YOAST SEO и подобные.
WP никак в этом вопросе не ограничивает кастомизацию сайта, и также легко можно довести до зеленных показателей PageSpeed или пройти идеально валидаторы (если они еще влияют на SEO)