Оба БП будут работать на 40% от своей заявленной макс мощности (т.к. линии 3.3 и 5 V не задействованы вовсе)Это не совсем верно. Дело в том, что т.н. "полная мощность" БП (та, что обозначена на наклейке) - параметр недостижимый на практике. Авторы его - не технари, а маркетологи, и в лучшем случае БП отработает под такой нагрузкой несколько минут, прежде чем сгорит, а скорее всего сразу сработает защита от КЗ. Есть такое понятие для громкоговорителей - "китайские ватты", вот и тут то же самое.
то две другие линии просто ничего не дадут (либо то - либо то) ?А с какого из двух БП вы собираетесь брать ток по линиям 5 и 3,3 вольт? Не забывайте, что у одного из них эти выходы будут на "высоте" плюс 12 вольт над общим минусом. У другого, "нижнего" - вроде да, можно попробовать, но это просто приведёт тому, что защита при перегрузке у него сработает раньше. Как при этом поведёт себя "верхний" БП - аллах ведает.
Произойдет падение напряжения или уйдет в защиту?Стабилизация выходных напряжений в таких БП - групповая. Т.е. она работает так, что соотношение между выходными напряжениями старается сохраниться в исходном виде. Если вы нагрузили только один канал выхода, то напряжения на остальных сохранятся примерно на прежнем уровне, хотя нагрузки там может не быть. Что касается срабатывания защиты, то её реализация в разных марках БП различна, и трудно судить насчёт особенностей её работы, надо пробовать.
Изолировать корпус от минуса - плохая идея?Нет, вполне нормальная, жёлто-зелёный провод при этом можно оставить подключённым к корпусу., и заземлением можно будет пользоваться штатным образом. Но как изолировать? Там ведь под винтами крепления платы - большие полигоны печатного медного слоя. Можно попробовать сделать так: немного рассверлить эти крепёжные отверстия в печатной плате (достаточно лишь двух, с низковольной стороны) и вставить в них изолирующие шайбы с буртиками (такие шайбы применяются в тех же БП для изоляции высоковольных транзисторов от их радиаторов). После этого снова привинтить винты крепления - общий минус окажется не соприкасающимся с точкам крепления на корпусе.