Лучший способ исключить проблемы с windows/linux - устанавливать загрузчик linux на физический диск отличный от того где стоит windows (именно это ей периодически не нравится, а сами разделы с системой она игнорирует), т.е. можно grub поставить на флешку и забыть о проблемах навсегда (выбор системы делать не через grub а в биосе, выбрав загрузочный диск по F12/F11/F8)
p.s. виртуализация, очень красиво решает многие проблемы множественного количества операционных систем. причем в любой последовательности, хоть из linux запускай windows, хоть наоборот... например поставь гипервизор xen, и уже внутри него ставь и винду и linux сколько хочешь (в этом варианте будут сложности с видеокартой в windows, иногда решаемые)