Я так понимаю, если у вас rsnapshot, то это linux.
Тогда вам прямая дорога в мануалы по ecryptfs. Например,
вот (впрочем, оно и под win/macos вроде есть).
Синхронизировать в облако при этом, само собой, нужно тот каталог, в котором хранятся зашифрованные файлы, а не тот, в который вы монтируете крипт расшифрованным.
В отличии от шифрованных контейнеров в таком случае в облако корректно будет уезжать отдельный измененный файл.