Если прокси вводишь в настройках хрома, а не всей системы, то прокси будет только в хроме.
Если хочешь использовать только для некоторых сайтов, то есть, например, antizapret, который автоматически включает свои прокси для сайтов в списке РКН и позволяет добавить пользовательские прокси для других сайтов (и включать/выключать по надобности)