Дешевле решить проблему аппаратным способом, поставить ups, подключить его по usb/com к компу и настроить уход в сон по пропаданию электричества дольше чем на минуту. Чтобы восстановилось все после сбоя, необходимо городить какой-то watchdog со стороннего устройства, который будет будить сервер по WoL при появлении энергии, логично завести управление ups именно на это устройство а не сам файловый сервер, какую-нибудь малинку или дешевую mitx плату с процом потребляющим 5ват.
Постоянные отключения энергии добьют любую систему, включая железо (hdd не любят этого)
Если же отвечать по теме - настраивай linux за работу из ram/образа диска (смотреть как сделано в livecd, там есть ro образ squashfs сжатый, а необходимые записи заворачиваются через что то типа aufs в tmpfs).
Саму же файлопомойку размести на btrfs/zfs/xfs (ключевое тут - cow), они легче переносят прерывание работы.
Про производительность и надежность - при использовании ext3..4 можно разместить журнал на ssd диске (там надо от силы 512Мб), сильно ускорит запись на hdd без необходимости переводить nas в режим writeback (оно тоже улучшает но роняет надежность при потери энергии).
p.s. про windows, в свойствах диска системы (рекомендуется при этом каталоги temp разместить на ram диске) и файлопомойки отключи кеширование записи, это даст гарантию что данные не потеряются при отключении энергии ценой понижения производительности (будет работать кеш записи самого hdd так что не все так плохо).
Простой
