Собственно есть Контроллер домена с днс сервером и файлообменником,
Резервного КД нет
Необходимо переустановить Контроллер домена, как правильно это сделать(минимум проблем), чтобы не было проблем со входом на папки файлообменника?
Обычно делается так:
Поднимаете второй контроллер - Повышаете его до главного - Передаете ему роли FSMO - Выключаете первый - Проверяете что все работает - Включаете первый - Снимаете с него роль AD DS - Выводите из домена.
Это что касается переноса ADDS + DNS.
С файлопомойкой я думаю проблем не будет, если вы оставляете ее на той же самой тачке. Просто не выводите первый ПК из домена, когда снимите роль AD DS.
Только пункт "Повышаете его до главного" был актуален лет 20 назад (наверное, на Windows 2000 server). С тех пор контроллеры не делятся на главный и резервный, они равноправны (не считая FSMO). По остальным пунктам поддерживаю.