Классика для интернет-магазинов. Чтож по причинам:
1) Яндекс сам по себе не особо разборчив и может вместо удаления из поиска дубля, пометить обе как низкокачественные. Но при этом в яндексе на выдачу других, качественных страниц сайта это не повлияет, в отличие от Google.
2) Также может повлияет качество контента на ваших страницах и размещенные некачественные SEO-ссылки на других ресурсах.
3) Какие именно страницы помечаются как некачественные? Может это страницы пагинации или с различными get-параметрами?
4) Вы случайно недавно не переехали с HTTP на HTTPS?
Но я более чем уверен, раз у вас интернет-магазин, что дело в неуникальных title, description и заголовках (h1, h2) + раз у вас так много товара, то скорее всего и некачественно заполненные карточки товара. Советую сравнить эти параметры нескольких некачественных страниц между собой, а там и получите причину.