Отдаете 200, далее выполняете что вам нужно далее, в идеале просто запускаете консольную команду. Если не охота возиться с консольными приложениями -
вот тут (на самом деле не первый ответ, а ниже - Complete version: )описано как отдать контент, закрыть соединение и продолжить выполнение скрипта. Коротко - посылаем заголовок окончания сеанса и продолжаем свои грязные делишки уже без оглядки на клиента.
PS: Увидел тег питон, но думаю смысл остается такой же, в питоне под веб не в зуб ногой, но думаю он не хуже пхп справится с задачей отдачи заголовков.