стоит задача поставить софт контроля трафика
есть ли способ ограничения софта от удаления?
Так все-таки о чем вопрос - о контроле трафика или о защите софта от удаления админом?
Если о первом - контроль трафика делается в точке контроля трафика :) Обычно это роутер, через который подключен тырнет. Если там у Вас не линух, а например микротик - поставить линух, поставить на него прокси и на нем считать трафик. Правда, поскольку сейчас все на https - без бампинга никуда.
Если о втором - это довольно сложно сделать.