Вопрос по этим факультетам лучше задать в приёмной комиссии. Здесь шанс, что учившийся там человек увидит ваш вопрос и поделится своим опытом, ничтожно мал. А ещё ваш вопрос подразумевает, что правильный ответ может дать только тот, кто учился и там, и там лично.
"Прикладная математика и информатика" означает, что математика будет изучаться в контексте её применения в информатике.
Насчёт просто "прикладной математики" сказать не могу, потому что приложений у математики куда больше, чем просто информатика.
А так, даже в городе с 50к населения можно получить образование не хуже, чем условном МГУ.