Можно поставить DNS unbound и разрулить форвардом.
/etc/unbound/unbound.conf
server:
verbosity: 1
interface: 0.0.0.0
do-ip4: yes
access-control: 0.0.0.0/0 allow
chroot: ""
hide-version: yes
key-cache-size: 0
cache-max-ttl: 0
private-address: 10.0.0.0/8
private-address: 172.16.0.0/12
private-address: 192.168.0.0/16
private-domain: "site.com"
local-zone: "10.in-addr.arpa." nodefault
local-zone: "16.172.in-addr.arpa." nodefault
local-zone: "168.192.in-addr.arpa." nodefault
local-data: "ntp.site.com IN A 10.10.10.1"
## Если нет записи в local-data то дальше резолвим домены site.com на 1.1.1.1
forward-zone:
name: "site.com"
forward-addr: 1.1.1.1
## Все остальное резолвим на 1.1.1.1
forward-zone:
name: "."
forward-addr: 1.1.1.1