VDS - полностью управляемая вами виртуальная машина с ОС, то есть консоль, ssh, и ставьте туда какое хотите ПО. В таком случае сервер полностью в вашем распоряжении - можете даже его перезагружать.
PHP - или т.н. shared-хостинг, когда на одной операционной системе вам дают не полную свободу действий, а только доступ папке, куда вы зальете свои файлы, ну и пару плюшек в добавок. Базы данных, которые вы можете использовать, а так же языки программирования, настройки и т.д. за вас полностью решает хостинг. Вы не можете ничего, кроме как залить по FTP свои файлы, и радоваться.
Но смею добавить, что PHP хостинг всегда дешевле и призводительней, чем VPS/VDS, так как вам выделяется не целая Виртуальная машина с ОС, а всего лишь процент от общего пропускного канала и ресурсов общей для всех системы. Как коммуна с хиппи.