Например фронтенд на react или vue, бэкенд тоже на js, strapi например.
Реально - имеется ввиду не теоретическая возможность, а то что кто-то это делал, это имеет смысл, это по ряду причин лучше чем opencart или подобные cms.
Пусть без систем оплаты, без интеграции с 1с...
И насколько это трудозатратно по сравнению с хорошо настроенными, темизированными , сверстанными с дизайна опенкартами? (То есть не коробочная версия опенкарта, где поставил что есть и залил шаблон, а именно честная full разработка)
Нет. Интеграция неизбежно, оплата или учёт все равно нужно. Я делал разные магазины и то чем делать БД это наименьшая проблема.
Если раньше не делали магазины и не пытайтесь придумать сами, продакш это не то делает один человек на своем коде. Сначала попробуйте использовать готовое, научитесь потом и видение будет на каком стеке следующую делать.