Вообще непонятно.
Сначала выясняем, что за два места хранения файлов, между которыми надо перекладывать эти файлы. Хорошо бы уяснить, зачем они вообще там хранятся - может, это надо хранить не в файле.
Затем выясняем, почему нельзя перекладывать файлы напрямую между хранилищами, а надо извращаться с сетевым экраном. Похоже, тут надо либо уговорить сетевой экран не блокировать перекладку файлов; либо строить VPN-туннель.
Также выясняем, какие операционки на обоих хранилищах.
А вообще, похоже, нужная Вам функциональность уже есть в программе rsync (она родом из Unux, есть порт на Windows).