Вариант 1. Для веб-сервера Apache в конфиге сайта (можно в .htaccess в корневой папке сайта) пишете:
DirectoryIndex index.php (он уже там есть у всех хостеров). Тогда при обращении к
site.ru будет автоматически запускаться
index.php (или как там вы его назовёте).
Через index.php уже роутите все остальные URI на нужные модули.
Для nginx - тоже делается, но директиву я не знаю, надо смотреть доки.
Но сайт будет доступен и по
site.ru и по
site.ru/index.php, поэтому в index.php надо делать редирект на
site.ru когда в URI появляется index.php.
Вариант 2 сделать
редирект на index.php через mod_rewrite.
Во многих движках сайтов такая возможность есть из коробки.
