Делал и продвигал проекты с обоими указанными вами структурами URL и скажу точно, что большой разницы в продвижении не заметил.
Хотя, поисковики "любят" разветвленную структуру сайта типа "site-name.ru/category-name/article-name", но объективно вы это заметите только в увеличении количества лимитов на переобход (Кабинет вебмастера Яндекса - Индексирование - Переобход страниц - Дневной лимит).
Но, как вы правильно заметили для варианта "site-name.ru/category-name/article-name", из минусов - теряется удобство при "перетусовке" статей между разделами.
Чтобы успешно продвигать статьи по варианту "site-name.ru/article-name":
- организуйте блоки перелинковки м/д статьями (например по классическому варианту - в конце статьи
- выставляйте сквозной виджет сайдбаре с новыми статьями - они будут быстрее индексироваться и набирать позиции
- постарайтесь разместить блоки перелинковки со статьями или разделами (если разделы продвигаются по запросам) на таких "трастовых" страницах, как "О проекте", "Об авторе" и т.д. Т.к. чаще всего эти страницы за счет сквозных ссылок из Меню набирают колоссальный "вес" и его надо использовать.
Для успешного продвижения Разделов по варианту "site-name.ru/article-name":
- при составлении СЯ для сайта попробуйте подобрать запросы для продвижения разделов и оптимизировать под них эти страницы.
- в разделах размещайте, помимо заголовков статей, картинки-превью + уникальный (!) текст с кратким описанием того, о чем статья (текст не должен дублироваться на других страницах!).
- Откройте к индексации страницы пагинации, уникализируйте мета-теги на страницах пагинации (например добавить в конце текста "страница №", где "№" меняется в зависимости от порядкового номера страницы пагинации. Заголовок Н1 можно оставить только на первой странице пагинации, на остальных - убрать.
- Иногда, если садите частотный запрос на страницу раздела, можно добавить перед списком статей небольшой тематический текст после Н1, содержащий слова тематики, подсветки и маркетинг (несущий пользу пользователю).
Вкратце вроде всё!)