1) Ядро linux производительнее, особенно, что относится X-ов, т.е. вывода графики. Ещё у linux намного лучше с поддержкой железа. Что для дома может быть основным фактором. FreeBSD, лично мне, нравится держать на серверах, т.к. железо там более стандартно, да и никаких десктопных функций там не нужно. Ну и, конечно же, дело привычки, что кому проще поддерживать.
2) Мне кажется ничего не изменилось. От себя скажу, что ipfw знаю лучше. В iptables больше фишек, но дома мне они не нужны, со всем отлично справляется роутер, где тот же iptables установлен