Смотрите в сторону docker.io — это почти то что вам нужно. Продукт подробно не изучал, в двух словах — виртуальная ОС, как приложение.
Vagrant отлично поможет, но с шифрованием тут облом выйдет, где вы ключ хранить собираетесь? В памяти виртуальной машины? Вытянут, если так понадобится (впорос цены). Уж лучше перейдите с php на что-то компилируемое или обратите внимание на hiphop-php.
Поднимать и конфигурировать vm удобнее всего через менеджер конфигураций, например, chef: выбираете нужные рецепты (nginx, sql, nosql), пишите конфиг и запускаете. Chef-сам залезет на удаленную машину по ssh, установит нужное ПО. Пароли останутся у вас, а машина будет стоять за 7 замками.
