Я вижу несколько вариантов ошибок которые могут быть:
1) Версия 1С-Битрикс и Битрикс24 не совпадают (например 1С-Битрикс версии 16 и Битрикс24 версии 20). Нужно чтобы версии битрикса были одинаковы в рамках минора.
2) Если используется HTTPS, то на обоих сайтах (где установлен 1С-Битрикс: Управление сайтом или Битрикс24 ) некорректно установлены сертификаты.
Сертификаты не должены иметь проблем с цепочкой сертификатов и должены иметь рейтинг А или А+ по
https://www.ssllabs.com/ssltest/analyze.html
3) На стороне интернет-магазина нет соответствия требованиям платформы (проверьте через Проверку сайта)
4) Сторонние решения блокируют сихнронзиацию. Возможно интернет-магазин дорабатывался и на сайте стоят доп.модули/плагины/код разработчиков который препятствует синхронизации (например блокируются внешние вызовы или валится с ошибками php).