штатными средствами обмена отключить только синхронизацию оргструктуры (departments) обычно нельзя — необходимо либо отключать выгрузку подразделений в настройках обмена (если такая опция есть в вашей версии), либо дорабатывать обработку синхронизации и исключать подразделения из обмена.