Это настраивается в свойствах конкретного соединения. Либо править исходники, чтобы так было всегда. Мы так и делали, плюсом обнаружилось, что там полный ужас творится в переключении раскладок, но вроде привели к рабочему виду, а отдельные баги задокументировали, нашли и обходные решения.
Версии 1.0.9.6.1, 1.2.0.5 использовали. Сейчас версии новее, не знаю, что там и как поменялось.
Пользователям нужно настроить и сохранить .vnc файлик с параметрами соединения, этого должно быть достаточно.
P.S. исходников с нашими правками уже нет :( Или где-то есть, но я не помню, после нескольких замен жёстких дисков что-то забыли перенести.