Загрузочная флешка - это примерно то же, что и любой носитель информации (дискета, ж.диск). Поведение системы зависит от того, какие программы с неё загрузились и работают.
Если Вы про аналог LiveCD - то никак, оно заточено на работу без сохранения изменений. Значит, надо записать на флешку то, что сохраняет изменения.