Рискну предположить, что один порт не вытягивает поток (у 3-го есть вполне конкретный лимит, насколько я понимаю, два по 5к он уже не потянет), который нужен для двух дисплеев с заданным разрешением. Если, конечно же, вы выставляете в настройках дисплея расширение столов, а не отражение. Попробуйте выбрать меньшее разрешение. На винде возможно рарешение уже ниже, потому и заводится сразу. Какой тундерболт, какие дисплеи и что вы видите в настройках вы не описали, потому только догадки.
Простой
