Что именно запускается в гостевых машинах - операционка, приложения? Что является хостом (операционка)?
Какой радиатор на процессоре? Куда дует вентилятор?
Надеюсь, пыли там нет?
Какие вентиляторы? Может, поставить ещё? Ставьте по возможности большие вентиляторы - с большим диаметром, толстые.
В какую сторону они дуют? Может, поменять направление?
Ещё имеет смысл посмотреть путь воздуха. Я заметил, что при отсосе воздуха вентилятором на задней стенке - воздух часто отсасывается из той области, из которой засасывает воздух вентилятор на процессоре (хотя, конечно, это зависит от устройства радиатора). Так вот, надо поставить "щиток" (я такие делал из пластиковых бутылок), чтобы он отсасывал горячий воздух из радиатора.
Надеюсь, я понятно объяснил.